На главную страницу второго семестра

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Матрица переходов строилась для последовательностей MARR и CADRQ

Параметры, которые были использованы при построении матрицы:

вес совпадения: 2

вес замены: -1

штраф за делецию: -2

Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
seq1: MA_RR seq2: CADRQ

Вес оптимального пути: 0

Локальное выравнивание

Матрица переходов строилась для последовательностей MARRILVVE и ARVVE

Параметры, которые были использованы при построении матрицы:

вес совпадения: 2

вес замены: -1

штраф за делецию: -2

Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
seq1: MARRILVVE seq2: ARVVE

Выравнивание, соответствующее субоптимальному пути:
seq1: MARRILVVE seq2: ARVVE

Вес оптимального пути: 6

Вес субоптимального пути: 4

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Сравнение двух глобальных выравниваний с различными заданными параметрами:

При построении выравнивания были заданы следующие параметры:

штраф за открытие делеции: 10
штраф за продолжение делеции: 1

PHOB_ECOLI         1 MARRILVVEDEAPIREMVCFVLEQNGFQPVEAEDYDSAVNQLNEPWPDLI     50   
                                                                                 
mutant_phob        1                                                         0   
                                                                                 
PHOB_ECOLI        51 LLDWMLPGGSGIQFIKHLKRESMTRDIPVVMLTARGEEEDRVRGLETGAD    100   
                               ||||||||||||..|    ||   .|||.                     
mutant_phob        1           GIQFIKHLKRESSHR----VM---AGEEP                22   
                                                                                 
PHOB_ECOLI       101 DYITKPFSPKELVARIKAVMRRISPMAVEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGE    150   
                                                                                 
mutant_phob       23                                                        22   
                                                                                 
PHOB_ECOLI       151 EPLEMGPTEFKLLHFFMTHPERVYSREQLLNHVWGTNVYVEDRTVDVHIR    200   
                                                                                 
mutant_phob       23                                                        22   
                                                                                 
PHOB_ECOLI       201 RLRKALEPGGHDRMVQTVRGTGYRFSTRF    229                        
                                                                                 
mutant_phob       23                                   22

При построении выравнивания были заданы следующие параметры:

штраф за открытие делеции: 1
штраф за продолжение делеции: 1

PHOB_ECOLI         1 MARRILVVEDEAPIREMVCFVLEQNGFQPVEAEDYDSAVNQLNEPWPDLI     50  
                                                                                
mutant_phob        1                                                         0  
                                                                                
PHOB_ECOLI        51 LLDWMLPGGSGIQFIKHLKRESMT-RDIPVVMLTARGEEEDRVRGLETGA     99  
                               |||||||||||| : |    ||  | |||.                   
mutant_phob        1           GIQFIKHLKRES-SHR----VM--A-GEEP               22  
                                                                                
PHOB_ECOLI       100 DDYITKPFSPKELVARIKAVMRRISPMAVEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAG    149  
                                                                                
mutant_phob       23                                                        22  
                                                                                
PHOB_ECOLI       150 EEPLEMGPTEFKLLHFFMTHPERVYSREQLLNHVWGTNVYVEDRTVDVHI    199  
                                                                                
mutant_phob       23                                                        22  
                                                                                
PHOB_ECOLI       200 RRLRKALEPGGHDRMVQTVRGTGYRFSTRF    229                      
                                                                                
mutant_phob       23                                    22

При сравнении двух вышеуказанных глобальных выравниваний можно заметить, что количество гэпов во втором выравнивании больше из-за низкого значения штрафа за открытие делеции. В результате увеличивается количество совпавших аминокислот в двух аминокислотных последовательностях, т.е. повышается процент их идентичности. Независимо от этого, первое глобальное выравнивание является более биологически осмысленным, так как в нем учитывается большая вероятность замен одних аминокислот на другие в соответствующих последовательностях, чем появления в них дополнительных делеций.